在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

研究分析结杲

1、从光敏养成血细胞中取出DNA热塑淀粉酶质

想要分离出光热塑血清质-DNA挽回物中用LC-MS研究数据分析，我发展好几个种性质发生变化纯化措施，可从DNA中去否则热塑血清质，仅在阳光照射时经过同时基因遗传组沾染聚集DNA热塑血清质。用TRIZOL分离出刺绣质并彻底清除入狱获的非热塑血清，如果将其采取析出以采取RNase代谢。经过超音波抗拉得到血清质热塑DNA的分离出物，在硫氰酸胍中烧沸性质发生变化，并在二防氧化硅离心分离柱上剧烈地清洗以去否则热塑血清质终将达到。经过核酸酶整理从DNA中释放出来光热塑血清，并采取胰血清酶代谢中用LC-MS研究数据分析。该做法排列顺序为血清质热塑DNA分离出或XDNAX。

图1.球胆固醇热塑DNA提现或XDNAX具体步骤图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可直接的玩DNA的球胆固醇图谱

将光热塑的方法选用于MCF7神经元，出现了1,805种侯选人蛋清，进来1,191种具有于3个或比较多次反复中。60%的DNA相互间效果组帶有核酸运用的GO批注，在较弱核酸运用批注的蛋清质中，较大 的供献位于核纤层蛋清，其二是参与的上色质团体和神经元裂开的蛋清质（图2）。

图2 . 可直接的相处 DNA 的蛋白酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结出了DNA之间功效组所潜在的血清质-DNA操作界面举例说明主要包涵的核苷酸化学交联肽。这包涵考虑到（1）球状DNA搭配实际形式域、（2）DNA 搭配实际无序性区（IDR）和（3）考虑到与相关血清质（诸如组血清搭配实际血清）、RNA（诸如剪接指数公式）或相分离出来区室（诸如核仁血清）之间功效而使得的学习环境将近。

图3 . 可立即碰到 DNA的构造域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、定量分析细胞系扰动这段时间内与DNA融合的转录指数公式

雌雄荷尔蒙血清激酶α（ESR1）驻带到胞质溶胶中，一直到碰见其配体，闪避易位到神经元核，在在哪里它与什么是基因组中的其他区域内融入以促活其他的转录程序流程。将血清饥饿的MCF7神经元爆漏于高服用量雌雄荷尔蒙（10 nM 17β-雌二醇）44一分钟，与仿真模拟清理的相较会比较神经元会比较它们之间的DNA相护功用组（图4A）。其中的，雌雄荷尔蒙畅快后DNA相护功用组中的ESR1增长了30倍（图4B）。总的说，在1,814个降钙素原检测的血清质-DNA相护功用中，约有9%表示出已经超过2倍的特殊波动，并查看到与ESR1具备有相护功用的血清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌荷尔蒙处置乳线癌内部 DNA 互为影响组的参考值相对比较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结

理论深入分析进人复染体组的膳食纤维质以熟悉它是怎么被读取硬盘并付诸活动的，一支是教学科研能力人员另一个继续的执着。复染体组可及性最主要的以DNA为平台的方面实用理论深入分析，但，到现在说不定，复染质凝胶的实用中的哪一些膳食纤维质与DNA 表明生物学互相实用尚不了解。实用零路程光化学交联，可表明DNA互相实用组中的绝大部分数膳食纤维质，XDNAX能力将身为膳食纤维质-DNA互相实用理论深入分析的强有力APP。

拜谱个人总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的营养素质组学、淡化组学、分泌组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

考虑期刊论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.