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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已彰显出广泛的的生物制品活力，还有抗良性肿瘤和身体毒使用。平常，三萜是能够甲羟戊酸路径结合的，并从当然绿植和真菌感染中领取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上先生发表了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的学习探讨综述。该学习看到三萜类无机化合物野生虫草酸（GA）是按照固态塑造的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微生物工程转变带来的。不同转录组和核营养物质组学水平进一次探索性无柄野生虫草菌丝体中DHT带来三种野生虫草酸（GA）的原则，并不同多个学水平验测到的的对比分析人类基因和的对比分析核球蛋白，预测出DHT 微生物工程制作而成 GA 的途经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和功用划分类别

用对无柄野生灵芝真菌感染菌丝体展开转录组测序共的67230个转录本和1429八个单dna。在这类单dna中，498个被签定为差别的呈现爱方法dna（DEGs），之中213个呈现爱方法调涨，279个呈现爱方法再降（图1A）。GO菌物生物丰度概述后，DEGs分成菌物的的期间中（BP）、神经细胞膜组成成分（CC）和大分子效果（MF）3类。在BP门类中，发生了前几个子门类：四环素分离分泌率的的期间中，乙酸盐分泌率的的期间中和甲酸盐分泌率的的期间中 ;而在CC门类中，神经细胞膜外区、突触pp体、突触结构设计是前几个亚类。对于那些MF门类，甲酸脱氢酶（NAD）可溶性、腐蚀还原成酶可溶性和酸氨（或酰胺）接酶可溶性是前几个亚门类（图1B）。在DEGs的KEGG信息径路概述中，前30条菌物生物丰度度非常高的信息径路有27条应属于分泌率，之中甲烷气体分泌率、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌率、丙酸盐分泌率信息信息径路重要菌物生物丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和功能键分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

能够对无柄灵芝粉细菌菌丝体实施球膳食纤维组学数据表格讲解，加起来认定了16,457种独特性肽、2606种球膳食纤维和2588种酶联免疫法球膳食纤维。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的筛分标准下，没有你2606种球膳食纤维中，94种被鉴定结论为的地域差异体现球淀粉酶（DEPs），当中的52种上涨，42种变动（图2A），图2C展现了的地域差异体现球淀粉酶的聚类算法数据表格讲解热图。从GO数据表格讲解看到，BP行业类别展现，基本都数DEPs直接参与醋酸钠盐新陈消化吸收率具体步骤、四环素工业制硝酸新陈消化吸收率具体步骤和药物治疗工业制硝酸新陈消化吸收率具体步骤。CC类DEPs在生殖上皮細胞膜外区、过硫化反应物酶体和微体中的比例怎么算为最多，硫化反应恢复原酶几丁质酶和甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶在MF类中DEPs的比例怎么算最多（图2B）。与转录组结杲类同，KEGG环路数据表格讲解展现，大多数DEPs在新陈消化吸收率中含有，当中的3条最含有的路线是光合海洋生物制品中的碳一定、碳新陈消化吸收率和MAPK信号灯环路（图2D）。前者，能够数据表格讲解GO数据表格库的CC对DEPs实施亚生殖上皮細胞膜确定数据表格讲解和注解（图2E），DEPs关键地域分布在生殖上皮細胞膜质（40.66%）、生殖上皮細胞膜膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基础理论上是GAs海洋生物制品合成图片的关键区域。

图2|蛋清质组的降钙素原检测分析一下和功效确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物转化率和對照组得票率DEGs和DEPs创作了维恩图，有20个距离展示表观遗传（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组共设的DEGs/DEPs进行聚类剖析剖析，察觉到mRNA和蛋清质之間有1五个上涨表观遗传和五个下跌表观遗传，DEGs二者泰语翻译的DEPs展示能力呈正重要性，通过Pearson的重要性比率剖析，在转录组和蛋清质组之間在线检测到相对应较高的重要性性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检侧的最后提示，E组和C组14个DEGs的呈现的水平差别的有明显，之中9个为调涨DEGs，4个为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的呈现上升趋势与转录类物质析的最后一样。

图3|核蛋白组的定量定性分析定性分析和基本功能安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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